Das goldene Zeitalter des klassischen Griechenlands wurde durch diesen antiken Weltkrieg, der von Sizilien bis nach Kleinasien getobt hatte und in dem jede größere Macht der Region beteiligt gewesen war, beendet. Der Peloponnesische Krieg zwischen dem von Athen geführten Attischen Seebund und dem Peloponnesischen Bund unter seiner Führungsmacht Sparta, dauerte von 431 v. Chr. bis 404 v. Chr. Der Krieg war ein Wendepunkt für die Geschichte der griechischen Poliswelt, deren ohnehin labiles politisches Gleichgewicht nun endgültig aufgehoben wurde. Versuche, einen dauerhaften, allgemeinen Frieden auf der Basis von Autonomie und Gleichberechtigung zu erreichen, führten nur zu kurzfristigen Atempausen. Die griechische Poliswelt fand so im 4. Jahrhundert v. Chr. keinen Ausweg aus dem permanenten Kriegszustand. Am Ende dieser Entwicklung stand Griechenland unter der Hegemonie des ehrgeizigen Königs Philipp II. von Makedonien, und später Alexander des Großen.
Dieser Krieg war das erste Ereignis, das Gegenstand einer wissenschaftlichen historischen Darstellung wurde: Der griechische Historiker Thukydides lieferte in seiner Geschichte des Peloponnesischen Kriegs eine ausführliche zeitgenössische Darstellung, in der er die Ursachen und Hintergründe des Krieges in einer Weise analysierte, die für die europäische Geschichtsschreibung vorbildlich wurde. Sein Geschichtswerk prägt das heutige Wissen über den Verlauf des Peloponnesischen Krieges maßgeblich.

Thukydides (vor 454 v. Chr. – zwischen 399 v. Chr. und 396 v. Chr.) war einer der bedeutendsten antiken griechischen Geschichtsschreiber. Er wurde auch der Vater der Schule des politischen Realismus genannt. Das attische Bürgerrecht besaß er wie sein Vater auf Grund seiner Zugehörigkeit zum Demos Halimos der Phyle Leontis an der Westküste Attikas. Somit verfügte Thukydides über beträchtliches Vermögen und konnte sich daher schließlich ganz seien historischen Studien widmen. Sein berühmtestes Werk "Geschichte des Peloponnesischen Krieges" hinterließ er zwar unvollendet. Er nutzte seinen Status als Exil aus Athen, um sich frei unter den peloponnesischen Verbündeten zu bewegen, und konnte den Krieg aus der Perspektive beider Seiten betrachten.