Nach der Ware-Krise versuchen Admiral Jonathan Archer und Sektion-31-Agent Trip Tucker beide, ihre Institutionen zu ändern, um weitere solche Tragödien zu verhindern.
Archer drängt auf eine Nichteinmischungsdirektive der Sternenflotte, wird aber mit unerwartetem Widerstand von Verbündeten innerhalb der Flotte konfrontiert – sowie ungebetener Unterstützung von Widersachern, die die Föderation in vollständige Isolation treiben wollen.

Währenddessen spielt Tucker ein gefährliches Spiel gegen die korrupten Anführer der geheimen Sektion 31, in der Hoffnung, ihre Verschwörung ein für alle Mal zur Strecke zu bringen. Aber ist er bereit, Archers Bemühungen zu gefährden – und damit vielleicht auch das Schicksal einer ganzen Welt – um zu gewinnen?