Wie archäologische Ausgrabungen gezeigt haben, stellt die heutige Reformierte Kirche bereits die vierte Stufe der Siedlungsentwicklung an dieser Stelle dar. Um das Jahr 1000 wurde anstelle eines älteren Gehöfts eine Kapelle errichtet, für die ein Marienpatrozinium überliefert ist. Vor 1240 entstand ein Konvent von Augustinerchorfrauen, welcher die Marienkapelle zunächst als provisorischen Gottesdienstraum benutzte, bis um 1300 eine eigenständige Klosterkirche fertiggestellt war. Ende 14. Jh. war Frauenkappelen ein reiches Kloster, das 1486/87 dem neugegründeten Berner Vinzenzstift inkorporiert wurde. 1574–1578 wurde an dieser Stelle eine Reformierte Kirche gebaut. Dabei wiederverwendet hat man die Chorwand der ehemaligen Klosterkirche mit Wandmalereien aus der Klosterzeit. Erhalten haben sich kostbare Ausstattungsstücke: ein Chorgestühl aus der Klosterzeit, ein weiteres Chorgestühl und eine Kanzel aus dem 17. Jh. sowie ein Taufstein des 16. Jh.