"Dunkelheit und Zedernduft" erzählt die Geschichte eines französischen Arztes, der seine Familie aufgrund tragischer Ereignisse verliert. Während Henri, dessen Sohn Mathis an Krebs erkrankt ist, in den USA an einem medizinischen Kongress teilnimmt, kommt es zu einer weltweiten Krise aufgrund von islamistischen Terroranschlägen. Auch seine Frau Louise gerät in die Hände der Terroristen.
Monate später geht Henri als Arzt an eine Klinik in Tunis, wo es zu weiteren terroristischen Umbrüchen kommt.
Die folgenden dramatischen Ereignisse um Henri sind mit den Schicksalen des jungen afrikanischen Agrarwissenschaftlers Zinedine, des Millionärs Matt und des indigenen Polizisten Stephen verknüpft und mit anderen Erzählsträngen verwoben.