Kommandørens døtre er en roman av den norske forfatteren Jonas Lie. Romanen skildrer en familie ved Fredriksvern i Vestfold og den behandler kvinners stilling i et embetsmannmiljø. Tittelen henspiller på Camilla Colletts Amtmandens Døtre og kan ses på som tematisk oppfølger til Colletts hovedverk.